Die Körperdetektive sind drei winzig kleine und sehr schlaue Detektive, die im Körper eines Jungen namens Tom wohnen. Wenn irgendwas mit Tom los ist, wenn er krank wird, ihm etwas passiert oder ihn einfach Sorgen plagen, dann flitzen sie durch seine Innenwelt und helfen ihm so gut sie nur können, damit er sich bald besser fühlt.

Im Headquarter geht eine beunruhigende Meldung ein: Der Skeletekt kann nicht am Skelett weiterbauen, weil ihm Baustoffe fehlen! Die Körperdetektive machen sich auf eine abenteuerliche Reise durch Toms Körper, um die Ursachen zu erforschen. Was sie schließlich finden, hätten sie sich im Traum nicht ausmalen können…