Dr. Jenkins ist eine Expertin auf dem Gebiet der DNA-Forschung. Als der mystische Riesenaffe Kong stirbt, gelingt es ihr, ihn neu zu erschaffen, indem sie seine DNA mit der ihres Enkels Jason Jenkins mischt. Um den neuen Kong zu schützen, bringt sie ihn auf die geheimnisvolle Insel Kong Island, die auf keiner Karte verzeichnet ist. Dr. Jenkins hat auch den „Cyber-Link“ erfunden, mit dem es Jason möglich ist, mit Kong zu verschmelzen. Als Jason zur Insel reist, wird er von seinem Universitätsprofessor Ramon De La Porta begleitet. Er ahnt nicht, dass Ramon schon seit Jahren nach Kong Island gesucht hat. Er stiehlt einige der „Heiligen Steine“ der Insel, die ihren Besitzern unglaubliche Macht verleihen sollen, und flieht mit ihnen. Damit befreit er auch den bösen Dämon Chiros, der viele Jahre in den Steinen gefangen war. Nun muss Jason versuchen, die Steine zurückzuholen und wieder auf die Insel zu bringen. Unterstützt wird er von seinem Freund Tann, der jungen Schamanin Lua und natürlich seinem „Halbbruder“, dem Riesenaffen Kong.